De organisatie van de Theologische Faculteit berust in de handen van de VZW ‘Universitaire Faculteit voor Protestantse Theologie te Brussel’. Ze heeft haar zetel in de Bollandistenstraat 40 te 1040 Brussel. De Algemene Vergadering van de VZW is het hoogste orgaan van de vereniging. Ze kiest uit haar midden de leden van de Raad van Bestuur. Deze Raad neemt het dagelijkse bestuur waar. Gezien de VZW twee onafhankelijke Faculteiten beheert, een Nederlandstalige en Franstalige, wordt de dagelijkse leiding in gescheiden ‘taalkamers’ waargenomen. Leden van de Nederlandstalige kamer van de Raad van Bestuur zijn:

  • Rudy Liagre
  • Jelle Brouwer
  • Steven De Preter
  • Arjan Knop
  • Dr. Johan Temmerman (voorzitter Nederlandstalige Faculteit)

Aan de vergaderingen van de Nederlandstalige kamer neemt ook dhr. Johan Dhondt deel, regeringscommissaris van de Universitaire Associatie Brussel.