De Universitaire Faculteit voor Protestantse Godgeleerdheid te Brussel zet de traditie voort van de Hervormde Academie te Gent uit de 16e eeuw (1578-1584). Zij is de enige instelling voor hoger onderwijs in België die tweetalig universitair onderwijs verschaft met het oog op het toekennen van de graden van Bachelor, Master en Doctor in de protestantse theologie. Er wordt onderzoek gedaan en onderwijs gegeven in de verschillende gebieden van theologie en godsdienstwetenschap. Ook kan men zich voorbereiden op het werk van predikant of leraar protestantse godsdienst.

Op initiatief van de predikanten Émile Hoyois, Matthieu Schyns en William Thomas werden er van 1942 tot 1944 theologische cursussen gegeven te Brussel, toegankelijk zowel voor jonge mannen als vrouwen.
In 1950 werd de huidige Faculteit door de Prot. Evang. Kerk en de Methodistenkerk gesticht. In 1955 voegde de Belgische Christelijke Zendingskerk zich hierbij. De ruimte in het Home Becker aan de Vleurgatsesteenweg was weldra onvoldoende en een oud herenhuis aan de Terkamerenlaan werd gehuurd. In 1965 mocht de Faculteit haar eigen gebouw in de Bollandistenstraat betrekken. In 1963 werd de Faculteit bij koninklijk besluit officieel erkend als een instituut van hoger universitair onderwijs, dat het recht heeft de titels van licentiaat en doctor te verlenen. De beide afdelingen zijn volwaardige faculteiten, een Nederlandstalige en een Franstalige, elk met een eigen docentencorps. Haar bibliotheek en haar documentatiecentrum — PRODOC — staan open voor wetenschappelijke onderzoekers.
De kerk die de Faculteit thans draagt, is de Verenigde Protestantse Kerk in België (VPKB), op 1 januari 1979 opgericht door het samengaan van de Protestantse Kerk van België, de Hervormde Kerk van België en de Gereformeerde Kerken in België.