De Faculteit voor Protestantse Theologie is een modern wetenschappelijk opleidingsinstituut, dat zich baseert op taalkundig Bijbelonderzoek en kritisch de traditie analyseert. De opleiding wil mensen tot een beter begrip van onze culturele geschiedenis brengen en een handreiking bieden voor de vertolking ervan vandaag. Met name het reformatorische christendom geldt als uitgangspunt van de studie. Daarom geldt als motto het gevleugelde woord van de Franse reformator Johannes Calvijn, waarmee hij zijn Institutie begint:

Nagenoeg alle wijsheid, die het waard is ‘waar’ en ‘hecht’ genoemd te worden, omvat twee gedeelten: kennis van God en kennis van jezelf.